Victor Epain
PhD in computational biology, postdoc at Simon Fraser University
🧬 (Meta)Genomics
🧩 Mathematical programming
🕸️ Graph algorithms
👥 Board member of Alia for academic freedom
👥 Board member of Nicomaque (Science popularization)
🌐 vepain.gitlab.io
- Reposted by Victor Epain[ #VeilleESR #LRU ] Le groupe LR du Sénat va user de son droit de tirage pour lancer prochainement une commission d’enquête sur « la capacité des universités françaises à garantir l’excellence académique de l’enseignement supérieur ». par @simonbarbarit.bsky.social Plein de choses à comprendre.
- Reposted by Victor EpainLes lauréat·es gazaoui·es du programme PAUSE doivent pouvoir rejoindre les institutions universitaires et culturelles françaises qui les ont sélectionné·es : elles et ils sont dans des situations d’attente dramatiques, parfois depuis plus d’un an. liberte-academique.fr/programme-pa...
- Contextualiser l’ignominie blogs.mediapart.fr/pascal-maill...
- Reposted by Victor EpainLes universités crèvent du manque de moyens et sous les attaques politiques et médiatiques. Dans ma fac, les secrétariats sont en souffrance. On a de + en + de mal à fonctionner. Tt le monde craque. On fait du mieux qu'on peut pour les étudiant-es mais c'est difficile www.lemonde.fr/campus/artic...
- Reposted by Victor EpainLe milliardaire Pierre-Edouard Stérin ne parle jamais de changement climatique. Ca ne l'empêche pas de dépenser des millions dans le déni climatique à travers des médias, des écoles, des think tanks... Voici une infographie qui rappelle ses principaux moyens d'action :
- Reposted by Victor Epain
I am looking for a postdoc to develop high-performance algorithms in computational genomics. Email or DM me if interested. For more information, see hlilab.github.io/vacancies. RTs appreciated! - Reposted by Victor EpainNous avons appris ce 19 décembre que l’agence d'architecture s’est officiellement désistée de la procédure judiciaire qu’elle avait initiée. Alia se félicite du retrait de cette plainte, sans contreparties ni conditions. liberte-academique.fr/une-victoire...
- A journey into mathematical modelling for the plasmid binning problem on assembly graphs A joint work with Mattia Sgrò, Gianluca Della Vedova, Paola Bonizzoni, Cédric Chauve, Aniket Mane and Kerian Thuillier I was glad to present it at Forgenom II www.youtube.com/watch?v=47uf...
- Sorry for all the mistakes I made when speaking, it seems I have a problem with plurals in English...
- Reposted by Victor EpainAlia vous appelle à signer la pétition contre le projet de pseudo-enquête sur l’antisémitisme dans l’ESR www.ldh-france.org/le-projet-de...
- Reposted by Victor Epain🔴 Communiqué AFSP/AFS/OALA/ALIA du 25 novembre 2025 — Non à l’enquête sur l’antisémitisme à l’Université À lire et télécharger ici : www.afsp.info/communique-2... #ESR #libertéacadémique @afs-socio.bsky.social @liberte-academique.cpesr.fr @aefsuprecherche.bsky.social @franceuniversites.bsky.social
- Reposted by Victor EpainConstatant la fragilité de la liberté académique dans un contexte général de montée des extrêmes droites, Alia œuvrera pour obtenir de nouveaux droits et de nouveaux textes de loi qui la renforceront. liberte-academique.fr/annulation-d...
- Tribune de Jean-François Bayart La France, ce pays où mieux vaut une messe pour Pétain qu’un colloque sur Gaza blogs.mediapart.fr/jean-francoi...
- Reposted by Victor Epain[ #VeilleESR #Parcoursup ] Il vient de se passer un truc extraordinaire : le gouvernement a atteint un de ses objectifs. Celui de baisser la part des néobachliers recevant une proposition dans Parcoursup. C'est sans doute une date historique, le début de démassification éducative, . 🧵
- Reposted by Victor EpainPersonne n'est surpris mais cette tribune honteuse marque aussi le passage officiel de "Le wokisme est dangereux car il veut empêcher de faire de l'histoire" à "Faire de l'histoire, c'est dangereux car c'est wokiste".
- Reposted by Victor EpainExtension Next : des alertes sur 8 500 sites GenAI et contre les attaques par homographes
- Reposted by Victor EpainSans réaction collective très forte de notre part contre cet abus de pouvoir spectaculaire, nous n'aurons bientôt plus d'autre choix que de plier bagage, nous taire ou collaborer. Un soutien massif à Henry Laurens ne suffit pas. Ce colloque doit se tenir. 🔽🔽🔽 blogs.mediapart.fr/pascal-maill...
- Reposted by Victor EpainSi vous êtes confronté·e à des textes de votre institution qui vous semblent contrevenir à la liberté académique, nous vous invitons à les porter à notre connaissance ou à nous interroger en écrivant à l’adresse suivante : contact@liberte-academique.fr liberte-academique.fr/chartes-regl...
- Reposted by Victor EpainConcrètement, une désumérisation à l’œuvre: quand le CNRS abandonne un labo dynamique à Tours, @umr-citeres.bsky.social La motion combative de l'AG du labo #VeilleESR
- [ #VeilleESR #KeyLabs ] « Nous pouvons atteindre 40 % des UMR en DGG à la fin 2026, et 80 % des UMR à la fin 2027. » - P. Baptiste @julienjanko.bsky.social par @aefsuprecherche.bsky.social Après l'échec des KeyLabs de A. Petit, le MESR met en place son plan de désumérisation.
- Reposted by Victor EpainUn document concis et clair du @hc-climat.bsky.social
- Comprendre l’action climatique de la France et l’efficacité de ses politiques ? C’est l’objectif de la version "grand public" de notre rapport annuel : synthétique et pédagogique. À lire (et à partager) : www.hautconseilclimat.fr/publications...
- Reposted by Victor Epain« Entropie et combinatoire » 👨🏫 Le Pr Timothy Gowers, titulaire de la chaire Combinatoire, introduit son cours de l’année 2025-2026. ⏰ Jusqu’au lundi 17 novembre 2025 Voir la suite 👉 tinyurl.com/8crwtump #Préludes #Science #Mathématiques
- “You can only critically assess the output of an AI chatbot if you have the skills to do so, and you don’t develop these skills by using AI. Before you can be critical of an AI summary, you have to learn to understand a text without having it summarized by an AI tool.” apache.be/2025/10/24/b...
- Reposted by Victor EpainALIA lance une alerte sur les risques que fait peser sur la liberté académique et la production scientifique la multiplication des laboratoires soumis au statut de Zone à Régime Restrictif (ZRR). Elle prend la forme d’une lettre ouverte sur les ZRR. liberte-academique.fr/zones-a-regi...
- Reposted by Victor EpainEncore une fois, le procès de Pinar Selek est reporté par le tribunal d'Istanbul. Un acharnement judiciaire matérialisant une "accusation à perpétuité" à son encontre #ESR #libertéacademique
- "On n'enferme pas la pensée", événement en soutien à Pinar Selek, le 15 octobre 2025 à 17h30 à l'Université Libre de Bruxelles 👉 www.ulb.be/babelbox/too... @justicepinarselek.bsky.social #ESR
- Reposted by Victor Epainoooh le bien que ça fait d'installer cette extension anti-IA à mon navigateur web !
- Reposted by Victor EpainALIA, l'OALA et @caalap.bsky.social s'associent dans un communiqué en soutien à Pinar Selek, alors que la 6ème audience de son 5ème procès se tiendra le 21 octobre à Istanbul liberte-academique.fr/il-faut-mett...
- Reposted by Victor EpainBe like the MIT
- Reposted by Victor EpainL’Association pour la Liberté Académique (ALIA) apporte son plein soutien à Mathias Rollot et propose des évolutions de la loi permettant de protéger universitaires et chercheurs des procédures « bâillon ». liberte-academique.fr/nouvelle-pro...
- Reposted by Victor EpainLe SNCS-FSU apporte son soutien à notre collègue Gabriel #Zucman dont le travail de recherche rigoureux en économie a été caricaturé et dénigré par Bernard Arnault Le SNCS-FSU dénonce plus largement les attaques contre les libertés académiques 👇 sncs.fr/2025/09/25/l... #ESR #VeilleESR
- Reposted by Victor EpainIncroyable tableau en arrivant dans ma salle de cours ce matin @normalesup.bsky.social 🤩
- Reposted by Victor EpainFermeture des petites maternités, destruction des PMI, etc. Dix départements français n'ont PAS de maternité. 75 % des maternités ont disparu en France en 50 ans. Et pas non plus d'augmentation conséquente de moyens dans les grandes maternités. Pas de mots. www.sciencesetavenir.fr/sante/maladi...
- Reposted by Victor EpainNew blog post! metaMDBG (@gaetanbenoit.bsky.social) and Myloasm (@jimshaw.bsky.social) have had recent releases, so I updated the benchmarks from the Autocycler paper: rrwick.github.io/2025/09/23/a... Both tools improved considerably! Time to update your conda environments 😄
- Today is a national day of action in France. In the world of research and academia, attacks on the autonomy of researchers and teachers are one of the reasons for this mobilisation. The material conditions necessary to work ethically are becoming less and less guaranteed. #ESR
- Call for presentations for the Undone Computer Science 2026 conference www.undonecs.org/2026/cfp.html
- « En substituant des termes flous à des notions bien définies, tout en esquivant les causes profondes des problèmes ainsi que les solutions possibles, cette tribune participe en réalité au brouillage des libertés qu’elle prétend défendre. »
- ALIA ne signera pas « l'appel pour la liberté de savoir » savoir lancé par la présidente de Radio France et publié par le Figaro Vox le 4 septembre 2025. liberte-academique.fr/communique-d...
- Reposted by Victor EpainCommuniqué de presse : financement de la recherche publique : la communauté scientifique alerte sur un système à bout de souffle. #veilleESR, @info.gouv.fr @agencerecherche.bsky.social @cnrs.fr @franceuniversites.bsky.social @inserm.fr @inrae-france.bsky.social @enseignementsup-recherche.gouv.fr
- Reposted by Victor EpainLe 16 octobre, à 13 h, au tribunal de Bobigny, le CVUH, Natacha Coquery ( sa présidente du CVUH) et Michèle Riot-Sarcey seront jugé pour diffamation, attaquées par Jean-Marc Berlière et René Fiévet, co-auteurs d'un livre minimisant le rôle de Vichy dans la Shoah. cvuh.hypotheses.org/1851
- L'industrie du tabac (et d'autres) auparavant élaboraient des listes de « scientifiques de renoms » qui puissent se rallier à leurs intérêts privés, en communiquant dans les médias et faire croire à une dispute scientifique quand bien même iels n'étaient pas des domaines en question.
- Un jour les communicants sauront ce qu’est une revue, un consensus ou une démarche scientifiques. Donc NON ce n’est pas une question de nombre et NON ce n’est pas une question de renom. Pour dézinguer une publi, on publie une étude qui démontre le contraire dans une revue à comité de lecture. 🤦♀️🤦♀️🤦♀️🤦♀️
- Une nouvelle fois, se référer au livre de @naomioreskes.bsky.social et Erik M. Conway : Les Marchands de doutes fr.wikipedia.org/wiki/Les_Mar... Préface de @sfoucart.bsky.social en FR
- From Italy, I support my French colleagues who are protesting against the destruction of the public education, research and university system, among many other legitimate social and environmental demands. We claim a humanistic responsibility.
- 👏 Congratulations to both of you @camillemrcht.bsky.social and @npmalfoy.bsky.social !
- A wonderful day for @bonsaiseqbioinfo.bsky.social, with @camillemrcht.bsky.social's and @npmalfoy.bsky.social's HDR defenses. Congrats for the amazing work! It's a great chance for the team to have you both!
- Reposted by Victor Epain✨ L'association ALIA fait sa rentrée ! Rejoignez-nous ou continuez de nous soutenir, sinon de vous engager en adhérant pour cette nouvelle année universitaire 2025-2026 : ➡️ liberte-academique.fr/adherer
- Reposted by Victor Epain[This post could not be retrieved]
- Reposted by Victor Epain[ #VeilleESR #LRU ] Financement privé et éthique de la recherche et de l'enseignement supérieur Conférence-débat 30/09 Montpellier Si vous êtes dans le coin, n'hésitez pas à me faire signe :) framaforms.org/recherche-et...
- Reposted by Victor Epain🌎👩🔬 For 15+ years biology has accumulated petabytes (million gigabytes) of🧬DNA sequencing data🧬 from the far reaches of our planet.🦠🍄🌵 Logan now democratizes efficient access to the world’s most comprehensive genetics dataset. Free and open. doi.org/10.1101/2024...
- Soutien à ses proches et aux collègues qui souhaitent exercer leur travail avec éthique et humanité. Nous ne devons lâcher rien : seul le soutien collectif aura raison de cette injustice.
- Reposted by Victor Epain[ #VeilleESR #Elections2027 ] « Un choc des savoirs pour l'enseignement supérieur et la formation » Renaissance (LREM) ouvre le bal des programmes #ESR pour 2027. Un programme clairement édu-sceptique et obscurantiste, prenant le parti de l'atrophie éducative. doc.parti.re/Conventions-...
- Chucho Valdés était interviewé sur @fip.fr radio, en musique, toujours ! www.radiofrance.fr/fip/podcasts...
- Reposted by Victor EpainAcademic freedom is both a right and a responsibility held by individual academics and academic communities. 🏛️ Read EUA's position paper on ‘How universities can protect and promote academic freedom’ buff.ly/hLG95CL #HigherEd #AcademicFreedom
- Pascal Maillard sur les attaques de l’exécutif sur le Palais de la Découverte à Paris et la Loi Baptiste blogs.mediapart.fr/pascal-maill...
- Reposted by Victor EpainComme d'autres collectifs et groupes institutionnels de chercheurs et chercheuses, ALIA s’inquiètent de la dérive de la labellisation ZRR (Zone à Régime Restrictif). c.f. * motion CNU maths : minifi.ca/vSadb * Pétition collectifs chercheurs de l'Inria comp.collectif-inria.fr
- Le mal est fait : JM. Blanquer et F. Vidal avaient nourri la bête immonde. Tout le monde académique y passera si nous ne luttons pas frontalement contre les idées de l'extrême droite.
- Reposted by Victor EpainWetransfer se donne l’autorisation d’entrainer des IA sur les contenus qu’elle héberge next.ink/brief_articl... "Des alternatives existent. Par exemple, Disroot ou Ethibox hébergent un service du même genre en utilisant le logiciel libre Lufi."
- Reposted by Victor Epain@cnrsecologie.bsky.social regrette profondément l'adoption de cette loi à la vision court-termiste & ses conséquences graves sur l’environnement, qui méprise santé & bien-être de la population & le rôle des espèces sauvages dans la prod. agricole. La communauté scientifique n'a pas été entendue.
- Reposted by Victor EpainNouveau billet: deux brèves et deux analyses, sur le Palais de la Découverte (pétition à signer) et sur le projet de loi Baptiste (très destructeur, rendez-vous à la rentrée pour enrayer le processus de démolition de l’Université et de la recherche et rouvrir l’horizon.) rogueesr.fr/palais-de-la...
- Reposted by Victor EpainAt @jobim2025.bsky.social next week? Check out Romane Libouban's poster (n°51) "Genome Annotation tooling in @galaxyproject.bsky.social : contributions of the #EuroScienceGateway project" 📆 Tuesday 5:30-6:30 PM Let's connect! Co-author : @abretaud.bsky.social
- Reposted by Victor Epain[ #VeilleESR #Réforme ] Projet de loi de modernisation et de régulation de l'enseignement supérieur du MESR « une transformation profonde du système d’enseignement supérieur public et privé, à travers une réforme substantielle de la régulation de ce secteur »
- Reposted by Victor EpainPlus de 40 sociétés savantes ont écrit au Ministre de l'Enseignement Supérieur et la Recherche pour demander la réouverture du Palais de la Découverte, lieu emblématique mêlant tradition scientifique et enjeux de la recherche actuelle et future. smf.emath.fr/actualites-s...
- Reposted by Victor EpainLes attaques de l’administration Trump contre la recherche climatique pourraient affecter les travaux des chercheurs français. Lire l'article ➡️ l.reporterre.net/BOQ
- Rentrée 2020, première année de thèse, j'enseignais à distance dû au deuxième confinement en France. Mes acouphènes se sont déclarés à ce moment là, dans le silence royal de ma chambre étudiante. Des effets d'amplification par infection Covid-19 ont été observés.
- Je profite de cet article pour témoigner : à celles et ceux qui en souffrent, on peut encore apprécier pleinement la musique. Ne plus l'apprécier était ce qui me faisait le plus peur. On apprend à se concentrer davantage, et l'aimer mieux encore qu'auparavant.
- Directeur de recherche à l'INRAe, récemment à la retraite, Jean-François Gibrat nous a quittés le 20 juin 2025. Une page internet en son hommage est déployée ici : maiage.inrae.fr/hommage-jean... Je recopie le mien ici : 1/8
- Jean-François a été co-directeur de ma thèse 2020-2023, soutenue en novembre 2023. Le jour de ma soutenance, Jean-François avait eu le courage et trouvé la force de se déplacer. Je lui avais été alors très reconnaissant. 2/8
- Durant la thèse, nous n'avons pas toujours été en accord scientifiquement, ça pouvait même parfois clacher : mais j'appréciais sa rigueur, les doutes et les critiques scientifiques qu'il produisait - son exigence en somme. 3/8
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View full threadL'Institut Français de Bioinformatique (IFB), que Jean-François a fondé et dirigé de 2012 a 2017, lui rend hommage : www.france-bioinformatique.fr/actualites/h...
- Reposted by Victor EpainQques mots forts que j'ai prononcés avec émotion @franceinfo.fr C'est un mensonge de laisser croire que l'on s'adaptera sans casse irréversible dans une France à 4°C. On ne s'adapte pas a un effondrement de la biodiversité; on meurt avec! Les régressions actuelles sont irresponsables & suicidaires.
- "Ce qu’on est en train de vivre aujourd’hui, c’est les trajectoires qu’on avait imaginées il y a 20 ans. La communauté des climatologues n’est pas du tout surprise par la vague de chaleur qui arrive. Elle est effrayée." @cassouman40.bsky.social ce matin sur @franceinfo.fr #VagueDeChaleur #DontLookUp
- Reposted by Victor EpainAujourd'hui, en France, une campagne de harcèlement d'extrême droite menace un programme de recherche en histoire.
- Reposted by Victor EpainNow published! Note that since Vikram's original post (quoted here), he's made it easy to dynamically update a set of multi-MUMs (e.g. when more genomes are added to a pangenome) and to find multi-MUMs for huge collections like HPRCv2 genomebiology.biomedcentral.com/articles/10....
- Excited to share a preprint for (w/ @benlangmead.bsky.social) our new tool, Mumemto, on biorxiv! Mumemto finds multi-MUMs across pangenomes (i.e. mummer but for pangenomes). It can rapidly visualize synteny, identify misassemblies, and accelerate core genome and multiple alignment, highlighting SVs.
- Reposted by Victor EpainDès sa première phrase, le rapport est clair : le financement à la performance, donc les #COMP, ne visent en aucun cas à améliorer les performances, mais seulement à obtenir « un effort budgétaire significatif ». Ça va mieux en le disant.
- Reposted by Victor EpainFrench Agora Sciences University Research (ASUR) meetings on 16 and 17 June for a reorganisation of the University and research (Translated PDF here : liberte-academique.fr/rencontres-a...)
- Reposted by Victor EpainA year of defending academic freedom The French Association for Academic Freedom (ALIA), with more than 400 members, will hold its general meeting on the morning of 16 June, followed by forward-looking workshops “Agora Sciences University Research (ASUR)” liberte-academique.fr/un-an-de-def...
- Reposted by Victor EpainDu poids indéniable de l'école dans la production des inégalités genrées face aux mathématiques "Rapid emergence of a maths gender gap in first grade" par P. Martinot et al. Une étude sur 3 million d'enfants en France (!!!) qui va faire du bruit #LaRAC @nature.com www.nature.com/articles/s41...
